高新技术企业需要进行专项审计的原因主要有以下几点：

1、合规性要求：根据《高新技术企业认定管理办法》及相关政策，拟申请高新技术企业认定的企业必须通过专项审计来确保其财务和业务活动符合相关法律法规的要求。这有助于确认企业在技术创新能力、研发投入、科技成果转化、知识产权以及高新技术产品收入等方面是否满足高新技术企业的标准。

2、提高透明度：专项审计可以提高高新技术企业认定工作的规范性和透明度，确保企业提交的申请材料真实、准确、完整，从而维护高新技术企业认定过程的公正性和权威性。

3、风险控制：通过专业审计机构对企业的研发费用、高新技术产品(服务)收入等关键指标进行审查，可以帮助识别潜在的风险点，并提供改进建议，以促进企业的健康发展。

4、享受优惠政策的前提：只有通过了专项审计并被正式认定为高新技术企业后，企业才能享受国家给予的一系列税收优惠和其他政策支持，比如降低企业所得税税率等。

5、持续改进和发展：专项审计不仅是对企业过去一段时间内经营情况的回顾，也是对其未来发展方向的一种指导。通过审计过程中发现的问题和建议，企业能够更好地调整自身的经营策略，加强内部管理，提升市场竞争力。

综上所述，专项审计对于高新技术企业来说是确保其合法合规运营、提高企业管理水平、享受政府优惠政策和支持的重要步骤。