小企业申报高新技术企业有一定难度，主要体现在以下几个方面：

1、知识产权方面

数量与质量要求：需要拥有一定数量的专利、软件著作权等知识产权，且要与主营产品(服务)核心技术相对应。小企业可能因研发投入有限、研发人员不足，导致知识产权数量少，难以满足 “平均每年 5 项及以上” 的科技成果转化 a 类标准。

获取周期问题：知识产权从申请到授权需要一定周期，新成立的小企业可能没有足够时间积累。

2、研发投入与人员方面

研发费用压力：近一年销售收入小于 5000 万元(含)的企业，研发费用总额占同期销售收入总额比例不低于 5%。对于利润较低的小企业来说，达到这一比例存在资金压力。

人员结构挑战：从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数比例不低于 10%。小企业人员总数少，招聘和留住科技人才困难，可能难以满足比例要求。

3、财务与管理方面

财务管理规范：需建立规范的财务管理制度，单独核算研发费用，编制研发费用辅助账。小企业财务管理可能相对松散，存在账目混乱、研发费用归集不明确等问题。

企业成长性：在企业创新能力评价中，成长性是重要指标，包括销售收入增长率、净资产增长率等。小企业可能因规模小、市场份额低、业务不稳定等，导致成长性不佳，影响得分。

4、材料准备与申报方面

经验与专业度：申报材料包括高新技术企业认定申请书、知识产权相关材料、科研项目立项证明等，内容繁杂。小企业缺乏申报经验，不清楚材料具体要求和编写要点，易出现材料不完整、逻辑不清晰等问题。

部门协调问题：申报工作涉及财务、技术、人力等多个部门，小企业可能存在部门设置不完善、人员职责不明确的情况，导致部门之间协调困难，影响申报进度和质量。