一、定义不同

1、高新技术企业：是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内(不包括港、澳、台地区)注册的居民企业。

2、科技型中小企业：是指依托一定数量的科技人员从事科学技术研究开发活动，取得自主知识产权并将其转化为高新技术产品或服务，从而实现可持续发展的中小企业。

二、认定条件不同

1、高新技术企业：

企业申请认定时须注册成立一年以上。

企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品(服务)在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权。

对企业主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围。

企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%。

企业近三个会计年度(实际经营期不满三年的按实际经营时间计算)的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合相应要求。

近一年高新技术产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于60%。

企业创新能力评价应达到相应要求。

企业申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。

2、科技型中小企业：

在中国境内(不包括港、澳、台地区)注册的居民企业。

职工总数不超过500人、年销售收入不超过2亿元、资产总额不超过2亿元。

企业提供的产品和服务不属于国家规定的禁止、限制和淘汰类。

企业在填报上一年及当年内未发生重大安全、重大质量事故和严重环境违法、科研严重失信行为，且企业未列入经营异常名录和严重违法失信企业名单。

企业根据科技型中小企业评价指标进行综合评价所得分值不低于60分，且科技人员指标得分不得为0分。

三、政策优惠不同

1、高新技术企业：

企业所得税税率为15%。

2、科技型中小企业：

研发费用加计扣除：科技型中小企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，再按照实际发生额的75%在税前加计扣除;形成无形资产的，按照无形资产成本的175%在税前摊销。

四、其他区别

1、规模限制：科技型中小企业对职工总数、年销售收入、资产总额有评价要求，而高新技术企业没有此项要求。

2、产品（服务）收入占比：高新技术企业要求高新技术产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于60%，而科技型中小企业没有此项评价要求，只要产品含有科技元素即可。

3、评价指标：科技型中小企业的评价指标主要包括科技人员、研发投入、科技成果三类;高新技术企业的认定则涉及八项要素。