企业申请科技型中小企业资质认定，政府部门通常不收取费用，但在申请过程中可能会产生一些其他费用，具体如下：

咨询服务费：如果企业自身缺乏专业人员和经验，委托第三方咨询机构协助办理认定，需要支付咨询服务费。费用视服务内容、机构资质以及企业规模和需求而定，可能在几千元到数万元不等。服务内容一般包括企业资质审核、政策解读、资料准备与提交、审核沟通与后期跟踪等。

技术评审费用：部分地区可能需要对企业的技术水平、研发能力、创新成果进行评估，由专业的评审机构或高等院校的专家团队完成评审工作，企业可能需要支付一定的技术评审费用，大致在 3000 元至 1 万元之间。

其他费用：企业若还需要进行外部资质认证(如 ISO 认证等)或招聘外部顾问等，会产生额外费用，具体取决于企业实际需求和所选服务商。