高新技术企业认定后的抽查通常由科技、财政、税务等相关部门联合开展，主要通过以下方式：

1.企业自查与材料报送

企业需对照高企认定条件，全面自查近三年的研发费用归集、科技人员占比、高新技术产品（服务）收入占比、知识产权有效性等关键指标，如实填报《高新技术企业自查表》，并整理归档认定申请材料、研发费用辅助账、知识产权证书、科技人员社保记录、成果转化证明等材料，提交至当地科技部门。

2.地方部门审查与实地检查

地方科技部门对企业自查材料进行审核，重点核查材料真实性、完整性和逻辑一致性。

对部分企业开展实地检查，包括：

查看企业办公场所、研发场地，核实研发活动是否真实开展；

检查科技人员实际工作内容，确认其是否参与研发项目；

核对研发费用支出凭证、发票等，验证费用归集是否合规；

检查高新技术产品（服务）的销售合同、发票、检测报告等，确认收入占比是否达标。

3.省级抽查与跨部门联合核查

省级高企认定管理工作协调小组办公室根据地方检查结果，会同驻省科技厅纪检监察组等开展抽查，重点抽查存在疑点的企业或整体迁移企业。

联合财政、税务、生态环境、应急管理等部门，核查企业是否发生重大安全、质量事故或环境违法行为，以及是否按时填报年度发展情况报表。

4.数据比对与风险监测

利用税务申报数据、社保数据、知识产权数据库等，与企业申报材料进行比对，识别数据异常或逻辑矛盾，如研发费用与营收比例异常、科技人员占比不符等。

抽查结果将作为企业是否继续符合高企认定条件的依据，若发现企业存在弄虚作假、指标不达标等问题，可能取消其高企资格并追缴税收优惠。企业需积极配合抽查，及时提供补充材料或说明。