北京市高新技术企业认定的有效期为三年。

根据《科技部财政部国家税务总局关于修订印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》（国科发火〔2016〕32号），通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。期满后，企业需重新进行认定申请。