国家高新技术企业认定的有效期为三年。

根据《高新技术企业认定管理办法》规定，通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。有效期满后，企业需重新申报、重新认定，通过后可继续享受相关政策优惠。