根据北京市现行政策，跨国公司地区总部认定流程分为一般方式和告知承诺方式两种，具体流程如下：

一、一般方式

1.提交申请

申请人通过首都之窗线上平台或北京市政务服务中心综合窗口提交申报材料，材料齐全的予以受理，材料不齐全的退回补正。

2.审查与决定

市商务局对提交的材料进行审查，重点核查企业是否符合认定条件（如境外母公司持股比例、资产总额、在京注册资本及持续经营情况等），审查时限为3个工作日。

3.颁证与送达

审查通过的，市商务局制发电子版《跨国公司地区总部确认证书》，申请人可选择通过邮寄方式领取纸质证书或到政务服务中心窗口领取。

二、告知承诺方式

1.提交申请

申请人通过北京市政务服务中心综合窗口现场提交《告知承诺书》及申报材料，线上提交材料的办理时限不超过0.5个工作日。

2.作出决定

市商务局对提交的材料进行形式审查，符合要求的当场作出同意决定，并制发《跨国公司地区总部确认证书》；不符合要求的，不予受理并告知理由。

注意事项：

告知承诺方式适用于信用记录良好、无严重违诺情形的企业，有较严重不良信用记录或曾作出虚假承诺的企业不适用此方式。

认定通过后，市商务局会在3个月内对企业提供的材料进行抽查检查，若发现实际情况与承诺内容不符，将责令整改，情节严重的可能撤销认定。