高新技术企业认定的有效期为三年。

根据《高新技术企业认定管理办法》及相关规定，通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。有效期满后，企业可进行重新认定，重新认定时仍须满足《管理办法》中规定的相关条件。