国家高新技术企业证书的有效期为三年。

根据《高新技术企业认定管理办法》规定，通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。企业需在证书有效期届满前三个月内，向认定机关申请重新认定，通过后可继续获得高新技术企业资格及相应政策优惠。