根据北京市商务局发布的《关于外资研发总部认定事项告知承诺的实施意见（修订）》，北京市外资研发总部认定材料如下：

1.申请书

由承担研发总部职能的企业法定代表人签署，需包含境外母公司基本情况、母公司在中国投资企业的组织架构图、外资研发总部简介及申请事项、在京注册资本、申报企业情况汇总表等，并加盖单位公章。

2.职能说明材料

详细说明企业承担外资研发总部职能的情况，包括研发方向、主要职责等，需提供纸质原件1份。

3.研发场所证明材料

提供研发场所的租赁合同或产权证明，以及管理人员和核心技术人员人数、近三年研发投入、重点研发项目介绍等相关证明材料，加盖单位公章的复印件。

若选择告知承诺方式办理，还需提交《外资研发总部认定告知承诺书》，承诺所提交材料真实、合法、有效，并愿意承担违反承诺的法律责任。

需注意，市科委、中关村管委会认定的外资研发中心，若符合认定条件，提供相关材料可直接认定为外资研发总部。