高新技术企业资质证书的有效期为三年。

根据《高新技术企业认定管理办法》第九条规定，通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。期满前三个月内企业应提出复审申请，复核合格后有效期再延长三年。