研发费用加计扣除的项目设置与高新技术企业（高企）认定中的研发费用项目设置存在多处区别，主要体现在以下方面：

1.人员人工费用

加计扣除：仅限直接从事研发活动的人员，包括研究人员、技术人员、辅助人员的工资薪金、“五险一金”及外聘研发人员劳务费用，对人员在职天数无要求。

高企认定：涵盖企业科技人员，包括直接从事研发、相关技术创新活动的管理和提供直接技术服务的人员，需累计实际工作时间在183天以上，且要求科技人员占当年职工总数的10%以上。

2.直接投入费用

加计扣除：包括研发活动直接消耗的材料、燃料、动力费用，以及中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发制造费、研发设备租赁费等，不包括房屋租赁费。

高企认定：除上述内容外，还包括用于研发的房屋租赁费，对材料领用的界定相对宽松，即使研发产出的样品或产品对外销售，其材料成本仍可全额归集。

3.折旧费用与长期待摊费用

加计扣除：仅限用于研发活动的仪器、设备的折旧费，不包括房屋建筑物折旧费及研发设施的改建、改装、装修和修理的长期待摊费用。

高企认定：包含用于研发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费，以及研发设施改建、改装、装修和修理过程中的长期待摊费用。

4.无形资产摊销

加计扣除：用于研发活动的软件、专利权、非专利技术的摊销费用。

高企认定：与加计扣除范围基本一致，但表述为“用于研究开发活动的软件、知识产权、非专利技术的摊销费用”。

5.设计实验等费用

加计扣除：主要包括新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费。

高企认定：除上述费用外，还包括装备调试费用、田间试验费等，范围略广。

6.其他相关费用

加计扣除：包括技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费、研发成果的检索、论证、评审、鉴定、验收费用，以及差旅费、会议费等，总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。

高企认定：除上述费用外，还包括通讯费、办公费、专利申请维护费等，总额一般不得超过研究开发总费用的20%。

总结而言，加计扣除项目设置更注重与研发活动的直接关联性和合规性，对费用范围和比例限制更严格；高企认定项目设置相对宽泛，更强调对研发活动的整体支持和企业研发能力的综合体现。