高新技术企业认定的专项审计通常需要出具2份专项审计报告，具体如下：

近三年研发费用专项审计报告：对企业近三个会计年度的研发费用明细、结构进行审计，涵盖研发费用的归集、分摊合理性，以及是否符合高新技术企业认定对研发费用占比的要求（如近三年研发费用总额占同期销售收入总额的比例需满足相应标准）。

近一年高新技术产品（服务）收入专项审计报告：对企业近一个会计年度的高新技术产品收入、高新技术服务收入明细进行审计，重点核查高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的比例是否达到60%以上。

此外，企业在申报高新技术企业认定时，还需提供近三年的财务审计报告（3份），用于反映企业的整体财务状况。因此，整个高企认定过程涉及的审计报告共5份，但其中专项审计报告为2份。