申请高新技术企业认定时，“总收入”包括固定资产处置收入。根据相关政策规定，总收入是指收入总额减去不征税收入，而收入总额按照《中华人民共和国企业所得税法》及实施条例的规定计算，其中明确将“转让财产收入”纳入收入总额范围，固定资产处置收入属于转让财产收入的一种。因此，固定资产处置收入需全额计入总收入，而非按净额计算。