科技型中小企业的申请认定流程及所需认证材料如下：

一、申请认定流程

1、注册登记：企业需在科技部政务服务平台(fuwu.most.gov.cn)进行注册登记，填写企业基本信息。

2、在线填报：注册成功并完成实名认证的企业进入“评价工作系统”，在线填报《科技型中小企业信息表》，并上传相关证明文件。

3、企业自评：企业根据自身情况对照评价指标体系进行自我评价，确认是否符合科技型中小企业条件。自评结果符合且填报信息和证明文件齐全的，可提交《信息表》，并上传有法定代表人签名和加盖企业公章的《信息表》首页原件。

4、形式审查：评价工作机构通过“评价工作系统”对企业提交的《信息表》及相关附件进行形式审查，包括检查《信息表》是否完整、表中信息与相关证明文档是否一致、首页是否加盖企业公章等。若形式审查不合格，系统通知企业法定代表人和联系人进行补正;审查通过的，提交至省级科技主管部门。

5、名单公示：省级科技主管部门对信息审核通过的《信息表》进行汇总，发现不符合要求的，退回评价工作机构。对符合条件的企业在服务平台进行公示，公示期一般为10个工作日。

6、入库公告：公示无异议的，省级科技主管部门赋予科技型中小企业入库登记编号，公众可通过服务平台查询该编号。

二、所需认证材料

1、企业基本信息材料：

营业执照副本：证明企业的合法注册及经营范围等信息，一般需加盖企业公章。

组织机构代码证和税务登记证：已完成“三证合一”的企业仅需提供营业执照，未完成合一的需提供此两项证件，以证明企业的统一社会信用代码及纳税相关信息。

2、人员情况相关材料：

科技人员信息表及证明：详细列出企业内科技人员名单，包括姓名、学历、专业、职称、岗位等信息，并提供学历证书、职称证书、劳动合同等证明材料，以证明企业科技人员的数量和资质满足认定要求。

职工人数证明：如企业花名册、社保缴纳记录等，用于证明企业职工总数不超过500人。

3、研发投入相关材料：

研发费用专项审计报告或辅助账：提供近一年的研发费用专项审计报告或研发费用辅助账，清晰展示企业在研发方面的资金投入情况，包括人员人工费用、直接投入费用、折旧费用与长期待摊费用、无形资产摊销费用等。

4、知识产权相关材料：

知识产权证明文件：提供已获得的专利证书、软件著作权登记证书、集成电路布图设计专有权证书等知识产权证明文件，证明企业拥有核心自主知识产权。

5、科技成果转化相关材料：

科技成果转化证明：展示企业近一年科技成果转化的相关证明，如技术合同、销售合同、产品检测报告、用户使用报告等，证明企业能够将科技成果转化为实际生产力，产生经济效益。

6、其他证明材料：

根据当地科技管理部门的要求，可能还需提供其他相关材料，如企业获得的科技奖项证书、承担的科研项目合同、产学研合作协议等，进一步佐证企业的科技创新能力和发展潜力。