研发费用加计扣除的申报流程主要包括以下步骤：

1. 判断是否符合申报条件

企业需自行判断是否符合研发费用加计扣除的条件，包括：

企业是否属于不适用研发费用加计扣除政策的行业(如烟草制造业、住宿和餐饮业、批发和零售业、房地产业、租赁和商务服务业、娱乐业等)。

企业是否进行了研发活动，且研发活动是否符合政策规定的范围。

企业是否对研发费用进行了准确的会计核算，并能够合理归集研发费用。

2. 准备相关资料

企业需准备以下资料留存备查：

自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。

自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单。

经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同。

从事研发活动的人员(包括外聘人员)和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明。

研发费用辅助账及汇总表。

其他相关资料，如研发项目的费用支出明细等。

3. 选择申报时点

企业可以选择在以下时点申报享受研发费用加计扣除政策：

第二季度企业所得税预缴申报：企业7月份预缴申报第2季度(按季预缴)或6月份(按月预缴)企业所得税时，可选择享受上半年的研发费用加计扣除政策。

第三季度企业所得税预缴申报：企业10月份预缴申报第3季度(按季预缴)或9月份(按月预缴)企业所得税时，可选择享受前三季度的研发费用加计扣除政策。

年度汇算清缴：企业也可以选择在年度汇算清缴时统一享受研发费用加计扣除政策。

4. 填写申报表

企业在办理企业所得税预缴申报或年度纳税申报时，通过填报申报表相关行次即可享受优惠：

填报《中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)》中的“减：免税收入、减计收入、加计扣除”相关行次。

根据享受加计扣除优惠的研发费用情况，填写《研发费用加计扣除优惠明细表》(A107012)，并留存备查。

5. 留存资料备查

企业需将上述准备的相关资料留存备查，以应对税务部门的后续核查。