申报绿色工厂时若证明材料缺失遗漏，可通过以下方法解决：

1、及时梳理查漏：尽快对照申报要求的材料清单，详细梳理缺失遗漏的证明材料内容。明确是哪些具体材料缺失，以及这些材料在申报中的作用和重要性。例如，若遗漏了能源管理体系认证证书，需明确其是体现企业能源管理水平的关键材料。

2、迅速收集补充：

内部查找：在企业内部各部门进行全面搜索，查看是否有相关材料的存档或记录。如生产部门可能有关于节能减排措施的实施记录，环保部门可能有污染物排放监测报告等。

联系相关方获取：如果是涉及第三方的材料，如供应商提供的原材料环保性能证明，及时与供应商沟通，要求其尽快提供。对于一些认证证书，如质量管理体系认证证书，联系认证机构获取副本或相关证明文件。

重新整理或制作：对于一些企业内部自行编制的材料，如绿色工厂建设中长期规划及量化的年度目标和实施方案，若缺失则需组织相关人员尽快重新编制，确保规划和方案符合企业实际情况，并具有可操作性和可衡量性。

3、寻求专业帮助：如果对某些证明材料的要求或获取途径不清楚，可以咨询当地工信部门、行业协会或专业的第三方咨询机构。他们具有丰富的经验和专业知识，能够提供准确的指导和建议。例如，当地工信部门可以解释政策要求，行业协会可以分享其他企业的经验，第三方咨询机构可以协助整理和完善材料。

4、关注申报进度和要求：了解申报的截止时间和审核流程，合理安排补充材料的时间。如果距离申报截止时间较紧，要优先提供最重要、最关键的证明材料，确保申报的基本条件满足。同时，要按照审核部门的要求，规范地提交补充材料，如材料的格式、装订方式等。

5、诚恳说明情况：在提交补充材料时，最好附上一份说明函，诚恳地向审核部门说明证明材料缺失遗漏的原因，以及采取的补救措施和补充材料的来源等。让审核部门了解企业积极解决问题的态度和努力。

总之，发现证明材料缺失遗漏后，要积极主动地采取措施解决问题，确保申报材料的完整性和合规性，以提高申报成功的几率。