东莞市科技型中小企业资质认定的时间分为几个阶段，包括注册登记、在线申报、形式审查等。具体时间如下：

1. 注册登记：企业需使用政务服务网法人账号登录“企业研发服务在线”平台进行注册，如果已经注册则直接登录。

2. 在线申报：登录后进入企业培育页面，点击“科技型中小企业”入口，选择“国家科技型中小企业”，进入认定管理页面。点击“点击申报”按钮进行申报，填写《科技型中小企业信息表》并上传佐证材料。

3. 形式审查：市评价工作机构对企业提交的《信息表》及相关附件进行审查确认。

整个认定过程的时间取决于企业准备材料的速度以及相关部门的审批效率。一般来说，从在线申报到最终的资质认定可能需要几周到几个月的时间。企业应提前准备好所有必要的材料，并密切关注相关部门的通知和指南，以便及时完成申报流程。