申请高新技术企业认定失败可能是由以下多种原因导致的：

一、知识产权方面

1、知识产权数量不足

根据高新技术企业认定要求，企业需要有一定数量的知识产权来支撑其技术创新性。例如，一类知识产权(发明专利、植物新品种、国家级农作物品种、国家新药、国家一级中药保护品种、集成电路布图设计专有权)和二类知识产权(实用新型专利、外观设计专利、软件著作权等)的数量可能达不到规定标准。如要求企业近三年内可能需要有一定数量的专利或软件著作权，若企业缺乏足够的知识产权积累，就会导致认定失败。

2、知识产权与企业核心技术关联度低

企业拥有的知识产权必须与自身的主要产品(服务)紧密相关，能够体现企业的核心技术。有些企业虽然有一定数量的知识产权，但这些知识产权可能与企业实际开展的业务和核心技术领域脱节。例如，一家主营电子设备制造的企业，其知识产权如果大多集中在与本行业无关的食品加工技术领域，就无法有效证明企业在高新技术领域的创新性，从而导致认定失败。

3、知识产权获取方式不符合要求

对于通过受让、受赠、并购等方式获得的知识产权，其对企业高新技术企业认定的支持作用有一定限制。如果企业主要依靠这些方式获取知识产权，且没有对这些知识产权进行有效的后续研发和转化，可能不符合认定条件。特别是在一些地区的认定细则中，对通过非自主研发方式获取知识产权的情况会进行严格审查。

二、研发费用方面

1、研发费用占比不达标

高新技术企业认定对研发费用占销售收入的比例有明确规定。企业近三个会计年度研究开发费用占销售收入总额的比例应分别达到 5%(收入≤5000 万元)、4%(5000 万元 <收入≤2 亿元)、3%(收入> 2 亿元)。如果企业在核算研发费用时出现错误，或者对销售收入的统计口径不准确，导致研发费用占比低于规定标准，就会导致认定失败。例如，企业可能未将某些符合研发费用定义的支出正确归集，或者将不属于研发费用的支出计入其中，从而影响了研发费用占比的计算。

2、研发费用核算不规范

研发费用的归集范围包括人员人工费用、直接投入费用、折旧费用与长期待摊费用、无形资产摊销费用、设计费用、装备调试费用与试验费用、委托外部研究开发费用、其他费用等。企业如果不能按照规定的范围和方法准确核算研发费用，就会影响认定。比如，企业将生产车间工人的工资全部计入研发费用，而没有按照实际参与研发活动的工时等合理方法进行分摊，这就是核算不规范的表现。

三、高新技术产品(服务)收入方面

1、高新收入占比不足

高新技术企业认定要求近一年高新技术产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于 60%。企业如果不能准确区分高新技术产品(服务)收入和非高新技术产品(服务)收入，或者高新技术产品(服务)收入的核算不准确，导致占比达不到要求，就会认定失败。例如，企业将一些含有少量高新技术成分但主要属于传统产品的销售收入也计入高新技术产品(服务)收入，经过审查后发现不符合真实的高新收入标准。

2、高新产品(服务)与核心技术缺乏关联性证明

企业需要能够清晰地证明高新技术产品(服务)是通过自身的核心技术研发生产出来的。如果缺乏这种关联性证明，如无法提供技术研发过程、技术对产品性能提升的证据等，也会影响认定。例如，企业声称某产品是高新技术产品，但无法说明该产品所运用的核心技术是如何开发的，以及该技术对产品在功能、质量等方面的具体提升作用，就难以被认定为高新技术产品。

四、人员结构方面

1、科技人员占比不达标

企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于 10%。企业在统计科技人员和职工总数时可能出现错误，或者没有将符合条件的兼职、临时聘用人员(兼职、临时聘用人员全年须在企业累计工作 183 天以上)正确计入，导致科技人员占比达不到要求。例如，企业遗漏了一些参与重要研发项目的临时聘用技术人员的统计，使得科技人员占比计算结果低于规定标准。

2、人员资质不符合要求

对于科技人员，需要其专业和工作内容与企业的高新技术研发和创新活动相关。如果企业的科技人员专业领域与企业的核心技术领域相差甚远，或者不能证明这些人员实际参与了技术研发等创新活动，也可能导致认定失败。例如，一家生物科技企业，其大部分所谓的 “科技人员” 实际专业是机械工程，且无法证明他们在生物科技研发方面有实质性贡献，就不符合要求。

五、其他方面

1、企业创新能力评价不达标

高新技术企业认定包括对企业创新能力的综合评价，评价指标包括知识产权、科技成果转化能力、研究开发组织管理水平、企业成长性等。如果企业在这些方面的综合得分低于规定分数(如 70 分)，就不能通过认定。例如，企业的科技成果转化能力差，虽然有一些知识产权，但没有有效地将这些成果转化为实际的产品或服务推向市场，就会影响创新能力评价得分。

2、申请材料不完整或不符合要求

高新技术企业认定需要提交一系列完整、准确的材料，包括申请书、营业执照副本、知识产权证书、财务报表等。如果企业提交的材料缺失关键内容，如财务报表数据不清晰、知识产权证书过期或未提供有效的证明材料等，或者材料的格式、内容不符合认定机构的要求，也会导致认定失败。例如，企业提交的研发费用专项审计报告不符合审计机构资质要求或报告内容不符合规定格式，就会对认定产生不利影响。

3、企业存在违规行为或不良记录

如果企业在申请认定过程中存在弄虚作假行为，如虚增研发费用、伪造知识产权证书、虚构科技人员等，或者企业存在重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为等不良记录，肯定会导致认定失败，并且还可能面临相应的处罚。