北京市创新型中小企业资质的有效期为三年。

根据北京市经济和信息化局发布的相关政策通知，经认定的北京市创新型中小企业，有效期自认定公告之日起计算，为期三年。有效期满后，企业需参加资质复核，复核通过后有效期可延长三年。