北京市企业技术中心年度评价的申报截止日期通常在每年的6月30日。

根据《北京市企业技术中心建设管理实施细则（2021版）》，企业技术中心应于每年6月1日至6月30日期间登录北京市政府政务服务网或市经济和信息化局网站，按相关提示在网上提交年度运行评价材料。