申请北京市外资研发总部所需时间因办理方式不同而有所差异，具体如下：

一般方式：按一般方式办理外资研发总部认定事项，时限为3个工作日。若涉及更换确认证书或注销确认证书，时限为2个工作日。

告知承诺方式：按告知承诺方式办理外资研发总部认定、更换确认证书手续的，可当场制发《外资研发总部确认证书》或办理注销手续。对于线上办理的，时限不超过0.5个工作日。

需注意，以上时限为行政办理时限，实际办理时间可能因材料准备情况、审核进度等因素略有差异。建议企业提前准备好完整、准确的申报材料，以确保办理流程顺利。